高频系统是储存环的基本构成之一，其作用是补充束流在环中损失的能量，并提供纵向聚束电压以阻止束团内电子的纵向逃逸和损失，使束流寿命足够长。BEPCII高频系统采用当今世界上先进的超导高频技术，由两套子系统组成，各包括一台500MHz超导高频腔、一台250kW速调管功率源和一套模拟低电平控制环路；2024年BEPCII升级完成后，高频系统包含了四套子系统，共有四台超导高频腔，一台250kW速调管功率源和三台200kW全固态功率源，以及四套数字低电平控制系统。
